La commission nationale mixte est composée de la façon suivante :
Un représentant du ministre chargé des transports, président ;
Cinq représentants de la SNCF désignés par le directeur des ressources humaines ;
Des représentants des organisations syndicales représentatives au niveau de l'entreprise, l'attribution des sièges se faisant en fonction des suffrages obtenus pour l'ensemble des collèges lors des plus récentes élections des délégués du personnel, selon la répartition suivante :
-jusqu'à 15 % : 2 sièges ;
-de 15, 01 % à 25 % : 3 sièges ;
-de 25, 01 % à 35 % : 4 sièges ;
-de 35, 01 % à 45 % : 5 sièges ;
-au-dessus de 45 % : 6 sièges.
A chaque séance de la commission, le nombre maximum de représentants de chaque organisation syndicale est égal au nombre de sièges qu'elle a obtenus augmenté de deux.
Le président de la commission est assisté de deux vice-présidents, l'un désigné par le directeur des ressources humaines parmi les représentants de la SNCF, l'autre élu pour deux ans par les représentants des organisations syndicales, en leur sein, par vote à bulletin secret, à la majorité absolue aux deux premiers tours, à la majorité relative au troisième tour.