La commission nationale mixte se réunit à l'initiative du président.
Chacun des deux vice-présidents peut obtenir, de droit, une fois par an, la réunion de la commission. Elle se réunit, également, sur demande présentée soit par la SNCF, soit par l'ensemble des organisations syndicales, soit sur demande conjointe des deux vice-présidents.
Lorsqu'une demande de réunion est présentée seulement par une ou plusieurs organisations syndicales, le président, après consultation des vice-présidents, apprécie l'opportunité de la réunion ; s'il estime ne pas devoir réunir la commission, il en informe les demandeurs en motivant son refus.
Les demandes de réunion sont présentées sous forme de requêtes motivées adressées au président, datées et signées.
Le président, après consultation des deux vice-présidents, fixe, dans un délai de dix jours ouvrables à compter de la réception de la demande de réunion, l'ordre du jour de la réunion et l'adresse aux membres de la commission vingt jours ouvrables avant la date prévue pour cette réunion.
Les délibérations de la commission nationale mixte sont consignées dans des procès-verbaux.