Le représentant de l'Etat est assisté par un préfet délégué, placé sous son autorité, chargé des questions relatives aux collectivités de Saint-Barthélemy et de Saint-Martin. Le préfet délégué exerce en outre les missions du sous-préfet d'arrondissement mentionnées par le décret du 29 avril 2004 susvisé.
Le préfet délégué est assisté par un secrétaire général, nommé par arrêté du ministre chargé de l'outre-mer.