L'établissement est soumis au régime financier et comptable défini par le décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 modifié relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et les articles 151 à 189 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique ainsi qu'au contrôle financier prévu par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat.
Par dérogation aux dispositions du décret du 29 décembre 1962 mentionné ci-dessus, les disponibilités excédant les besoins de trésorerie peuvent également être déposées, suivant les modalités fixées par la convention prévue à l'article L. 225-1-3 du code de la sécurité sociale, auprès de l'Agence centrale des organismes de sécurité sociale. Elles sont alors productives d'intérêts.