Le conseil d'administration comprend des représentants de l'Etat, des collectivités territoriales, des établissements intéressés à la formation, des représentants élus du personnel, des usagers ainsi que des personnalités qualifiées. La composition du conseil d'administration et les modalités de nomination sont fixées, pour chaque établissement, par arrêté du ministre chargé de l'agriculture. La durée du mandat des membres nommés et élus est respectivement de trois ans et un an.
Pour l'ensemble des membres titulaires, désignés ou élus et en nombre égal à ceux-ci, des suppléants sont désignés ou élus dans les mêmes conditions que les titulaires. Le représentant suppléant siège au conseil d'administration en cas d'empêchement du titulaire.
Le directeur de l'établissement public, son adjoint, le gestionnaire, le membre du corps du contrôle général économique et financier, l'agent comptable et les directeurs des centres assistent avec voix consultative aux séances du conseil d'administration.
La désignation des représentants des usagers obéit aux règles suivantes : la représentation des organisations syndicales du personnel de l'enseignement technique agricole public est effectuée sur la base de la représentativité au comité technique paritaire central de la direction générale de l'enseignement et de la recherche. Le nombre de sièges des représentants des organisations syndicales de salariés, d'employeurs ou d'exploitants, est déterminé sur la base de la représentativité au plan national.