Le président du conseil d'administration de l'institut est nommé pour trois ans par arrêté du ministre chargé de l'agriculture. Son mandat est renouvelable.
Outre son président, le conseil d'administration comprend vingt et un membres :
1. Six représentants de l'Etat, désignés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture ;
2. Six personnalités qualifiées, nommées pour trois ans, renouvelables, par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, sur proposition du directeur de l'institut ;
3. Trois représentants des personnels de l'institut, assurant des fonctions d'enseignement et de formation, élus pour une durée de trois ans renouvelable ;
4. Deux représentants des personnels non enseignants de l'institut, élus pour une durée de trois ans renouvelable ;
5. Quatre représentants des stagiaires, élus, par spécialité, pour une durée d'un an renouvelable une fois.
Les modalités des élections des représentants des personnels et des stagiaires sont fixées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.
Le directeur, le membre du corps du contrôle général économique et financier et l'agent comptable de l'institut assistent aux séances du conseil avec voix consultative.
Le président du conseil d'administration peut également appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile.
Les membres du conseil d'administration peuvent, en cas d'absence ou d'empêchement, donner mandat à un membre appartenant à la même catégorie. Un même membre ne peut détenir qu'un seul mandat.
Les membres démissionnaires, décédés ou qui n'exercent plus les fonctions au titre desquelles ils avaient été désignés ou élus doivent être remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui des membres qu'ils remplacent.
Les fonctions de membre du conseil d'administration sont gratuites.