Le secrétariat général assure la coordination du traitement des sujets transversaux, sans préjudice des compétences des départements.
Il est notamment chargé des questions relatives à la formation, aux ressources humaines, au budget, aux achats et aux marchés publics, aux affaires juridiques, à la communication, à la gestion des connaissances, à la micro-informatique, à la logistique ainsi qu'à la performance du programme ONP.