L'agent comptable de l'institut est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'enseignement supérieur.
Sur décision du directeur de l'institut, l'agent comptable peut exercer les fonctions de chef des services financiers de l'établissement.
L'institut est soumis au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935 susvisé. Ce contrôle est assuré par un membre du corps du contrôle général économique et financier selon des modalités définies par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'enseignement supérieur.