Durant la préparation, les élèves sont placés sous l'autorité du directeur de l'Ecole des hautes études en santé publique et soumis aux obligations du règlement intérieur de l'établissement.
En cas de défaut d'activité, d'insuffisance manifeste d'implication ou de manquement grave au règlement intérieur, il peut être mis fin à la préparation des élèves et aux aides matérielles qui peuvent y être associées, par décision du directeur des ressources humaines du ministère chargé de la santé, sur proposition du directeur de l'école. Le versement de l'allocation est interrompu.