Les caisses de mutualité sociale agricole et le groupement sont soumis, pour les opérations du régime et sans préjudice de tous autres contrôles régulièrement institués, au contrôle du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de la sécurité sociale.
Le contrôle des ministres chargés de l'agriculture et de la sécurité sociale s'exerce par l'intermédiaire des services placés sous leur autorité et de l'inspection générale des affaires sociales.
Le contrôle de la Cour des comptes s'exerce dans les conditions prévues par le chapitre IV du titre III du livre Ier du code des juridictions financières.