Le conseil scientifique est composé de personnalités nommées par arrêté du Premier ministre : experts du monde universitaire et de la recherche et personnalités qualifiées notamment en matière de relations internationales et d'économie.
Le conseil scientifique assiste l'institut dans la définition des orientations générales de la politique de formation et de recherche en matière de défense, de politique étrangère, d'armement et d'économie de défense. Il peut associer à ses travaux tout expert dont la présence serait jugée utile.
Le conseil d'administration de l'institut et son directeur sont destinataires des travaux du conseil scientifique.