L'expertise a lieu dans la mesure du possible avec la présence conjointe des deux experts. Elle donne lieu à un rapport écrit commun signé par les deux experts, identifiant chaque animal, groupe d'animaux, les denrées ou les produits et motivant leur estimation. En cas de désaccord, mention en est faite sur le rapport. Le cas échéant, deux rapports distincts sont établis.
Le rapport fait état du temps passé et des distances parcourues par chaque expert pour la mission d'expertise.
Le rapport est communiqué par les experts, dans les meilleurs délais, au directeur départemental des services vétérinaires, qui le transmet, pour remarques éventuelles à formuler, au propriétaire des animaux ou des denrées et produits.
Lorsque l'expertise concerne des animaux autres que des bovins ou lorsque le nombre de bovins concernés est inférieur à dix, l'expertise peut être effectuée par un seul expert choisi dans les listes d'experts établies par le préfet pour l'estimation des indemnisations prévues à l'article L. 221-2 du code rural.