Le ou les rapports d'expertise sont instruits par le préfet du département d'implantation de l'exploitation à indemniser (directeur départemental des services vétérinaires), qui peut solliciter la production de tout élément complémentaire d'appréciation de la valeur commerciale des denrées et produits ou de la valeur de remplacement des animaux et l'avis du directeur général de l'alimentation, notamment dans les cas définis au quatrième alinéa de l'article 4.
Le préfet arrête ensuite le montant définitif de l'indemnisation et le notifie au propriétaire des animaux, des denrées ou des produits.
Pour les catégories d'animaux des espèces concernées, ce montant ne peut excéder les montants plafonnés définis en annexe II.