L'agence peut entreprendre des actions conjointement avec les collectivités territoriales. Elle conclut à cette fin des conventions de programme. Ces conventions sont signées au nom de l'agence par le président, après avis de la commission nationale ou de la commission régionale des aides en fonction du montant global des opérations envisagées. Elles sont cosignées par le préfet de région.
Chacune des opérations faisant l'objet de la convention est soumise à l'avis de la commission des aides compétente en vertu des dispositions d'application du 2° du II de l'article R. 131-9.
La commission régionale des aides est également tenue informée des autres opérations entrant dans le cadre des conventions passées avec les collectivités territoriales.