La sous-direction du conseil juridique et du contentieux comprend :
- le bureau du droit et du contentieux européen, international et institutionnel ;
- le bureau du contentieux des polices administratives ;
- le bureau du droit de la commande publique ;
- le bureau de la fonction publique et de la protection juridique des fonctionnaires ;
- le bureau de la responsabilité de l'administration, de l'assurance et des affaires financières ;
- le bureau du suivi des contentieux déconcentrés, de la veille et de la qualité juridiques, auquel est attaché le centre de documentation juridique.