Le président de la chambre territoriale des comptes est assisté par un secrétaire général qui assure, sous son autorité, le fonctionnement du greffe et des services administratifs de la chambre.
Le secrétaire général est nommé par arrêté du premier président de la Cour des comptes, président du Conseil supérieur des chambres régionales des comptes, sur proposition du président de la chambre.
Le secrétaire général est choisi soit parmi les magistrats des chambres régionales et territoriales des comptes, soit parmi les fonctionnaires de catégorie A, ou, à défaut, de catégorie B.