Au vu de l'avis rendu par la Commission nationale d'expertise, les ministres chargés respectivement de l'environnement et de l'économie soit rejettent la demande d'indemnisation par une décision conjointe et motivée, soit décident la poursuite de l'instruction de la demande. Dans ce dernier cas, le ministre chargé de l'environnement saisit à cette fin le préfet, lequel engage la phase d'évaluation du préjudice et en informe les demandeurs.
Si les ministres ne se sont pas prononcés dans les six mois suivant l'accusé de réception du dossier prévu à l'article R. 424-11, soit en rejetant la demande, soit en décidant la poursuite de l'instruction, la demande est réputée rejetée.