Trois commissions permanentes sont chargées de préparer les délibérations du collège :
― la commission « Etat et organismes dépendant de l'Etat » ;
― la commission « collectivités territoriales et établissements publics locaux » ;
― la commission « sécurité sociale et organismes assimilés ».
Les projets soumis au collège sont examinés au préalable par les commissions.
Les travaux des commissions sont rapportés devant le collège par leurs présidents, nommés par le président du conseil parmi les membres du collège et après avis de ce dernier. La composition des commissions est fixée par le règlement intérieur du conseil dans le respect des dispositions suivantes :
― chaque commission comprend comme membres de droit un magistrat de la Cour des comptes désigné par son premier président, un représentant du directeur général des finances publiques, un représentant du directeur du budget et un représentant du chef de service d'inspection du ministère principalement concerné. Sont également membres de droit, pour la commission « collectivités territoriales et établissements publics locaux », un représentant du président du comité des finances locales et, pour la commission « sécurité sociale et organismes assimilés », un représentant du secrétaire général de la commission des comptes de la sécurité sociale ;
― elle comprend des représentants des ministères et des autres administrations concernées, ainsi que des personnalités qualifiées ;
― elle ne peut comporter plus de vingt membres.
Les membres des commissions sont nommés par le président du conseil. Le président d'une commission peut inviter à participer aux réunions, de manière temporaire, toute personne dont le concours est jugé utile pour éclairer les travaux en cours.