Le secrétaire général est assisté dans l'exercice de ses fonctions par un adjoint ainsi que par :
― la mission des affaires générales, dont l'organisation est précisée par l'article 9 ;
― des fonctionnaires chargés de mission permanente d'inspection qui contribuent à la gestion des ressources humaines ; dans les services déconcentrés et en administration centrale, ils participent aux réflexions relatives au fonctionnement et à l'organisation des services et organisent les missions de contrôle et d'évaluation du fonctionnement des services ;
― la délégation à la mobilité et aux carrières, chargée des nominations aux emplois fonctionnels d'encadrement supérieur d'administration centrale et des services déconcentrés, assistée d'une mission de gestion de l'encadrement supérieur ;
― la mission de gestion du programme budgétaire conduite et pilotage des politiques de l'agriculture.