Le conseil de bassin fonctionne dans les conditions prévues par les articles 4 à 15 du décret du 8 juin 2006 susvisé.
Pour tous les avis émis en application de l'article 2, seuls les membres mentionnés au 1° de l'article 4 et le président prennent part au vote. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Pour l'élection des représentants au conseil de direction spécialisé de FranceAgriMer et du vice-président, seuls les membres mentionnés au 1° de l'article 4 prennent part au vote.