L'agent comptable est placé sous l'autorité administrative du directeur. Il est chargé, sous sa propre responsabilité et sous le contrôle du ou des conseils d'administration, de l'exécution des opérations financières de la section ou du groupe des sections.
Les conditions dans lesquelles sa responsabilité pécuniaire peut être mise en jeu sont définies par décret. Aucune sanction ne peut être prise contre lui s'il justifie avoir agi en conformité des dispositions dudit décret. Sa gestion est garantie par un cautionnement dont le montant minimum est fixé dans les conditions déterminées par arrêté des ministres chargés de la sécurité sociale et du budget.
Conformément aux dispositions de l'article R. 114-6-1, les comptes annuels de chaque organisme sont établis par l'agent comptable et arrêtés par le directeur. Les comptes annuels de chaque organisme sont ensuite présentés par le directeur et l'agent comptable au conseil d'administration qui, au vu de l'opinion émise par l'instance chargée de la certification, les approuve, sauf vote contraire à la majorité des deux tiers des membres.