Sous réserve de l'article R. 114-6-1 du présent code, les opérations financières et comptables de l'établissement sont effectuées conformément aux dispositions du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique. Toutefois, le compte financier est établi par l'agent comptable, arrêté par le directeur et approuvé lors de la même séance du conseil d'administration que celle qui approuve les comptes annuels et les comptes combinés.
L'agent comptable du fonds est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la sécurité sociale et du ministre chargé du budget.
Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées conformément aux dispositions du décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics, modifié par le décret n° 92-1368 du 23 décembre 1992.
Le fonds est soumis au contrôle financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret du 25 octobre 1935 organisant le contrôle financier des offices et des établissements publics autonomes de l'Etat.