Le Fonds national de cautionnement peut bénéficier de dotations de FranceAgriMer, de l'Union européenne et des collectivités territoriales dans le cadre, pour ces dernières, des dispositions de l'article L. 1511-5 du code général des collectivités territoriales.
Le bénéfice des contributions des collectivités territoriales est réservé aux opérateurs agréés dans les ports situés sur leur territoire.