Le directeur de la mémoire, du patrimoine et des archives est assisté d'adjoints, qui le remplacent en cas d'absence ou d'empêchement. Il assure le secrétariat permanent du Haut Conseil de la mémoire combattante. Il représente le ministère de la défense dans les instances archivistiques nationales et internationales.
Il dispose d'une chancellerie et de chargés de mission.
La chancellerie assure l'administration du personnel, la protection du secret et le traitement du courrier de la direction.
Dans un cadre interrégional, des chargés de mission mettent en oeuvre, en liaison avec les services déconcentrés chargés des anciens combattants, les actions de valorisation de la mémoire et du patrimoine de la direction de la mémoire, du patrimoine et des archives.