La direction des affaires juridiques comprend, outre la division des affaires pénales militaires directement rattachée au directeur :
- la sous-direction du droit public et du droit privé ;
- la sous-direction du droit international et du droit européen ;
- la sous-direction du contentieux ;
- la mission de codification.
Les directions régionales du commissariat de l'armée de terre, les directions locales du commissariat de la marine et les directions du commissariat de l'air en région aérienne assurent, pour le compte de la direction des affaires juridiques, la défense devant les tribunaux administratifs du ministère de la défense dans les conditions fixées par arrêté.
Elles assurent également, pour le compte de la direction des affaires juridiques, la protection juridique des agents militaires et civils du ministère de la défense prévue à l'article 15 de la loi n° 2005-270 du 24 mars 2005 portant statut général des militaires et 11 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 modifiée portant droits et obligations des fonctionnaires.
Le service des pensions des armées de la direction de la fonction militaire et du personnel civil assure, pour le compte de la direction des affaires juridiques, la défense devant les tribunaux administratifs du ministère de la défense pour ce qui concerne le contentieux relatif aux pensions civiles et militaires de retraite.