La division des affaires pénales militaires exerce les attributions définies à l'article 24 du décret du 8 mars 1999 susvisé.
A ce titre, elle est notamment chargée de toutes les questions relatives à la gestion du personnel et du budget, à l'organisation, au fonctionnement et à l'administration de la justice militaire. Elle participe aux travaux des institutions publiques ou privées relatifs au droit pénal militaire.
En outre, lui sont rattachés des juridictions prévues par le code de justice militaire ainsi que le centre administratif des personnels extérieurs de la justice militaire et le dépôt central d'archives de la justice militaire.