La division des affaires pénales militaires exerce les attributions définies à l'article 24 du décret du 8 mars 1999 susvisé.
A ce titre, elle est notamment chargée de toutes les questions relatives à la gestion du personnel et du budget, à l'organisation, au fonctionnement et à l'administration de la justice militaire. Elle participe aux travaux des institutions publiques ou privées relatifs au droit pénal militaire.