Toutes mesures sont prises pour recueillir l'ensemble des eaux et écoulements susceptibles d'être pollués lors d'un sinistre, y compris les eaux utilisées pour l'extinction d'un incendie et le refroidissement, afin que celles-ci soient récupérées ou traitées afin de prévenir toute pollution des sols, des égouts, des cours d'eau ou du milieu naturel. Ce confinement peut être réalisé par des dispositifs internes ou externes aux cellules de stockage. Les dispositifs internes sont interdits lorsque des matières dangereuses sont stockées.
Dans le cas d'un confinement externe, les matières canalisées doivent, de manière gravitaire, être collectées puis converger vers une capacité spécifique extérieure au bâtiment. Les orifices d'écoulement doivent être munis d'un dispositif automatique d'obturation pour assurer ce confinement. Tout moyen doit être mis en place pour éviter la propagation de l'incendie par ces écoulements.
Le volume nécessaire à ce confinement est déterminé, notamment au vu de l'étude de dangers, en fonction de la rapidité d'intervention et des moyens d'intervention ainsi que de la nature des matières stockées, et mentionné dans l'arrêté préfectoral.
Les réseaux de collecte des effluents et des eaux pluviales de l'établissement sont équipés d'obturateurs de façon à maintenir toute pollution accidentelle, en cas de sinistre, sur le site. Ces dispositifs sont maintenus en état de marche, signalés et actionnables en toute circonstance localement et à partir d'un poste de commande. Leur entretien et leur mise en fonctionnement sont définis par consigne.