Le directeur général de FranceAgriMer statue sur les recours mentionnés à l'article D. 654-85 après instruction par le préfet du département dans lequel les exploitations concernées ont leur siège, et avis de la commission départementale d'orientation de l'agriculture, en application de l'article D. 654-93.
En cas de silence gardé par le directeur général de FranceAgriMer pendant deux mois, le recours gracieux est considéré comme rejeté.