Le versement de la subvention attribuée par l'Etat est effectué par l'Agence de services et de paiement.
Le versement de la subvention (études et / ou travaux) peut faire l'objet du paiement de deux acomptes ne pouvant excéder 80 % du montant prévisionnel de la subvention sur présentation de justificatifs et ne pouvant dépasser le pourcentage des investissements immatériels ou matériels réalisés.
Le versement du solde de cette subvention s'effectue après :
-vérification de la conformité des caractéristiques des travaux réalisés avec celles visées par la décision attributive ;
-le cas échéant, fourniture du certificat d'un contrôleur technique agréé ou accrédité par le COFRAC attestant la conformité des ouvrages de stockage d'effluents liquides d'une capacité d'au moins 250 mètres cubes ;
-le cas échéant, fourniture du projet agronomique ;
-vérification que l'élevage respecte les prescriptions techniques au titre de la directive (CEE) 91 / 676 du 12 décembre 1991 concernant la protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir des sources agricoles, notamment par vérification de la tenue des plans de fumure et cahiers d'enregistrements des pratiques d'épandage correspondant aux campagnes suivant le dépôt de la demande pour les éleveurs situés en zone vulnérable ;
-vérification que l'élevage est en situation régulière au titre de la réglementation des installations classées pour la protection de l'environnement pour les élevages soumis à cette législation ;
-le cas échéant, vérification que l'amélioration des pratiques agronomiques de l'agriculteur avant réalisation des travaux visée à l'article 7 de l'arrêté du 26 février 2002 est mise en oeuvre.