La direction des pêches maritimes et de l'aquaculture élabore et met en œuvre la politique en matière de pêches maritimes, de produits de la mer et d'aquaculture marine et continentale.
Elle élabore les réglementations relatives à l'exercice des pêches maritimes et des autorisations de cultures marines et veille à leur application.
Elle élabore la politique de contrôle et de surveillance de ces activités, décide des actions à mener et veille à leur application.
Elle détermine la politique d'aide à l'investissement et de financement des entreprises de pêche maritime et de pêche professionnelle en eau douce, de produits de la mer et d'aquaculture.
Elle exerce, pour le compte du ministre, la tutelle sur l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer, l'organisation interprofessionnelle des pêches maritimes et des élevages marins, l'organisation interprofessionnelle de la conchyliculture, l'organisation interprofessionnelle de la pisciculture ainsi que sur l'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer) et sur les organismes de la coopération maritime et du crédit maritime mutuel.