L'instruction des demandes de subvention est effectuée sous l'autorité du préfet de département (DDAF ou DDEA).
'Agence de services et de paiement est l'organisme responsable du paiement.
L'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer) est désigné instance de concertation avec les professionnels.