Le conseil d'administration adopte son règlement intérieur, l'état prévisionnel des recettes et des dépenses et, le cas échéant, les états annexes et leurs modifications, arrête le compte financier, examine le rapport annuel d'activité de l'établissement et se prononce sur son programme de travail annuel. Il fixe le siège de l'établissement.
Il délibère sur le contrat pluriannuel mentionné à l'article R. 621-5. Il est consulté sur les projets de transactions et sur les décisions relatives aux acquisitions et cessions patrimoniales mobilières et immobilières d'un montant supérieur à 1, 5 million d'euros.
Chacun dans son domaine, les conseils spécialisés sont consultés pour avis sur les projets de décisions du directeur général fixant les règles relatives aux dépenses d'intervention économiques ou précisant les conditions de gestion ou d'attribution des aides instaurées par les règlements communautaires mentionnées à l'article R. 621-27. Toutefois, le conseil d'administration est compétent pour l'examen des projets de décisions qui sont d'intérêt commun à plusieurs conseils spécialisés.
Les conseils spécialisés sont chargés de suivre l'évolution de la situation des marchés et de participer à la politique d'orientation des productions et d'organisation de la filière dans le cadre des objectifs de la politique agricole commune ou de la politique commune de la pêche ainsi que des orientations définies par le Conseil supérieur d'orientation de l'économie agricole et alimentaire ou par le Conseil supérieur d'orientation des politiques halieutique, aquacole et halio-alimentaire dans le respect des orientations stratégiques définies par le conseil d'administration. Lorsque, le 15 novembre, le conseil spécialisé compétent n'a pas formulé de proposition de répartition de la taxe fiscale affectée à son secteur, le conseil d'administration décide seul de cette répartition.