Le compte financier est préparé par l'agent comptable suivant les dispositions du plan comptable et conformément aux directives de l'ordonnateur. Il retrace l'ensemble des opérations, tant nationales que communautaires, enregistrées dans la comptabilité.
Il est arrêté par l'organe délibérant et présenté aux ministres chargés de l'agriculture et du budget avant le 31 mars pour approbation.