La comptabilité analytique est tenue par l'agent comptable ou sous son contrôle, selon un plan établi par le président-directeur général et approuvé par les ministres de tutelle et le ministre chargé du budget.
Elle permet de distinguer les opérations réalisées pour le compte de l'Etat et celles réalisées pour le compte d'autres donneurs d'ordres.
Un état retraçant les résultats de la comptabilité analytique est joint au compte financier adressé aux ministres de tutelle.