L'établissement est doté d'un conseil d'administration et de conseils spécialisés par filière. Il est dirigé par un directeur général nommé par décret.
Le conseil d'administration comprend, d'une part, des représentants du Parlement, des administrations et établissements publics de l'Etat, et des consommateurs, ainsi que, le cas échéant, au plus deux personnalités choisies en raison de leurs compétences, d'autre part, en majorité, des représentants de la production, de la transformation et de la commercialisation et des représentants des salariés des filières.
Les conseils spécialisés sont composés en majorité de représentants de la production, de la transformation et de la commercialisation. Les pouvoirs publics, les salariés de la filière et les consommateurs y sont également représentés.
Le président du conseil d'administration est nommé par décret, sur proposition du conseil d'administration.
Les membres du conseil d'administration et des conseils spécialisés sont nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture et de la pêche.
Le conseil d'administration est compétent pour l'examen des questions d'intérêt commun à l'ensemble de l'établissement, notamment en matière budgétaire, ainsi que pour la définition des orientations stratégiques dans le domaine de compétence de l'établissement.
Toutefois, la répartition du produit des taxes fiscales affectées instituées dans une filière est décidée par le conseil d'administration, sur proposition du conseil spécialisé correspondant.