Les ressources de l'agence sont principalement constituées par les versements effectués par l'Etat et la Communauté européenne pour le financement des missions mentionnées aux deux premiers alinéas de l'article L. 313-2, ainsi que, le cas échéant, par le produit de taxes affectées à ces mêmes missions, les revenus de prises de participations financières et produits de cession, les produits financiers ainsi que les emprunts et toutes autres recettes autorisées par les lois et règlements.
Elles peuvent également comporter, à titre accessoire, le produit de la vente de ses publications et la rémunération de ses travaux et prestations au bénéfice des personnes mentionnées au troisième alinéa de l'article L. 313-2.