Le commissariat aux transports et aux travaux publics et de bâtiment est dirigé par un commissaire aux transports et aux travaux publics et de bâtiment nommé par décret en conseil des ministres.
Si le commissaire est civil, il est assisté par un commissaire adjoint choisi parmi les officiers généraux ou supérieurs. Si le commissaire est officier général, il est assisté par un commissaire adjoint choisi parmi les hauts fonctionnaires des ministères chargés des transports et de l'équipement. Le commissaire adjoint est nommé par arrêté conjoint du ministre de la défense et des ministres chargés des transports et de l'équipement.