En cas d'absence ou d'empêchement du président, toute section du comité du secret statistique tient séance sous la présidence du représentant du garde des sceaux, ministre de la justice. Il en va de même lorsque ces sections sont réunies en formation plénière.
Le secrétariat du comité du secret statistique est assuré par l'Institut national de la statistique et des études économiques.
Le comité du secret statistique peut préciser les modalités de son fonctionnement dans un règlement intérieur.