La commission interministérielle pour la sécurité des systèmes d'information peut créer des sous-commissions ou groupes de travail dont elle fixe le mandat et qui lui rendent compte de leurs travaux.
Chaque sous-commission est animée par un président choisi en raison de sa compétence. Ce président est nommé, sur proposition du directeur central de la sécurité des systèmes d'information, par le secrétaire général de la défense nationale.
Les sous-commissions se réunissent à l'initiative de leur président aussi souvent que leur mandat l'exige.