La sous-direction du budget de la mission " recherche et enseignement supérieur " élabore conjointement avec la direction générale pour l'enseignement supérieur et l'insertion professionnelle et la direction générale pour la recherche et l'innovation le budget des programmes de la mission interministérielle " recherche et enseignement supérieur " placés directement sous la responsabilité du ministre chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche. Elle coordonne l'exécution de ce budget ainsi que la rédaction des rapports annuels de performance et des autres documents de suivi de l'exécution budgétaire.
Elle coordonne l'élaboration du budget et des documents budgétaires pour l'ensemble des programmes relevant de la mission interministérielle " recherche et enseignement supérieur ".
Dans le cadre des orientations que définit la direction générale pour la recherche et l'innovation, elle expertise la situation budgétaire, financière et comptable des organismes de recherche. A cette fin, le bureau de la réglementation et de la gestion financières des organismes de recherche est placé sous l'autorité fonctionnelle du directeur général pour la recherche et l'innovation. Elle coordonne l'élaboration des textes relatifs à l'organisation budgétaire, financière et comptable des établissements d'enseignement supérieur et de recherche, conduite en collaboration avec la direction générale pour l'enseignement supérieur et l'insertion professionnelle et la direction générale pour la recherche et l'innovation.
Elle traite des questions fiscales concernant les établissements d'enseignement supérieur et de recherche, en relation avec les ministres chargés de l'économie et du budget.
La sous-direction du budget de la mission " recherche et enseignement supérieur " est constituée :
-du bureau du budget et de la réglementation financière de l'enseignement supérieur ;
-du bureau de la réglementation et de la gestion financières des organismes de recherche ;
-du bureau de la comptabilité de l'enseignement supérieur ;
-du bureau du budget et de la comptabilité de la recherche.