Les missions des services et sous-directions de la direction de l'Union européenne sont les suivantes :
Le service des politiques internes et des questions institutionnelles suit la définition et l'application des politiques communautaires, en liaison avec le secrétariat général pour les affaires européennes, les questions juridiques et institutionnelles liées à l'évolution, à la mise en œuvre des traités ainsi qu'au fonctionnement des institutions et organes de l'Union, les activités du Parlement européen, les relations avec le Parlement national en matière européenne, les questions relatives à la présence et à l'influence de la France au sein de l'Union ainsi que la communication et le dialogue sur l'Europe.
Le service des relations extérieures de la Communauté et de l'Union suit, en liaison avec le secrétariat général des affaires européennes, les relations extérieures de la Communauté européenne avec les Etats qui n'en sont pas membres et les organisations internationales, notamment l'Organisation mondiale du commerce, en liaison avec la direction générale de la mondialisation, du développement et des partenariats. Il définit, anime et coordonne les actions prévues dans le domaine de la politique étrangère et de sécurité commune par le traité sur l'Union européenne, en liaison avec la direction des affaires stratégiques, de sécurité et du désarmement, pour les aspects liés à la politique européenne de sécurité et de défense.
Les sous-directions de l'Europe occidentale, nordique et balte, de l'Europe centrale et de l'Europe méridionale suivent les questions politiques, économiques et sociales internes, la conduite des relations internationales et les relations bilatérales, avec la France, des Etats de leur zone géographique respective.