Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an à l'initiative du président. Il est également convoqué par son président à la demande du ministre chargé de la culture ou à celle de la majorité de ses membres, qui, dans ce cas, proposent l'ordre du jour de la séance.
En cas de vacance, d'absence ou d'empêchement du président, le conseil d'administration peut être convoqué par l'administrateur général. Le conseil d'administration est alors présidé par le secrétaire général du ministère chargé de la culture.
Le directeur du patrimoine et des collections, l'administrateur général de l'établissement, l'autorité chargée du contrôle financier ainsi que l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative.
Le directeur régional des affaires culturelles d'Ile-de-France assiste également aux séances avec voix consultative.
Le président peut appeler à participer aux séances toute personne dont il juge la présence utile.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins des membres ou de leurs représentants ou suppléants sont présents.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents ou représentés. En cas de partage des voix, celle du président est prépondérante.
Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors sans condition de quorum.