Le conseil scientifique élit son président en son sein pour une durée de trois ans renouvelable une fois.
Après avoir recueilli l'avis des membres du conseil scientifique, le président participe à la sélection des chercheurs du centre d'études et de recherche de l'Ecole militaire au sein d'un comité réuni sous la présidence du directeur de la direction de l'enseignement militaire supérieur. Les modalités de cette sélection sont précisées dans l'instruction relative au fonctionnement de la direction de l'enseignement militaire supérieur.