Le conseil d'administration fixe les orientations générales de l'établissement. Il délibère notamment sur :
1° Le projet d'établissement et les contrats avec l'Etat qui le mettent en œuvre ;
2° Le règlement intérieur et le règlement des études ;
3° L'organisation interne de l'établissement, notamment la création des départements d'enseignement, de recherche et d'ingénierie, des unités de recherche, des services et des services communs, des instituts et des écoles. Il en approuve les statuts respectifs ;
4° La politique de l'enseignement, les créations de diplômes propres, les demandes d'habilitation à délivrer des diplômes nationaux et les propositions relatives aux modalités de recrutement des étudiants ;
5° La politique de recherche de l'établissement et la valorisation de ses résultats ;
6° La coopération avec l'université de Dijon et les autres établissements concernés ;
7° La politique d'ingénierie éducative ;
8° Le budget et ses décisions modificatives ;
9° Le compte financier, l'affectation du résultat et l'utilisation des réserves ;
10° Le montant des droits de scolarité acquittés par les stagiaires de la formation continue, les auditeurs libres et les étudiants préparant un diplôme propre, sans préjudice des dispositions de l'article 20 ;
11° Les acquisitions, locations et cessions d'immeubles ;
12° Les contrats, conventions et marchés ;
13° Les créations, renouvellements et suppressions d'emplois au sein de l'établissement ;
14° Les dépôts de marques, brevets et de tous titres de propriété intellectuelle ;
15° La participation à toute forme de groupement public ou privé, la création de fondations universitaires ou partenariales et de filiales ;
16° L'acceptation des dons et legs ;
17° Les emprunts ;
18° Les actions en justice et les transactions ;
Il peut déléguer au directeur général de l'établissement, dans les limites qu'il fixe, les attributions mentionnées aux 10°, 12°, 14°, 16° et 18°. Le directeur général rend compte des décisions prises dans le cadre des attributions ainsi déléguées à la plus prochaine réunion du conseil d'administration.
Le directeur général, le directeur général adjoint, les directeurs des instituts et des écoles, le secrétaire général et l'agent comptable assistent aux réunions avec voix consultative.