L'établissement est administré par un conseil d'administration. Il comporte un conseil scientifique, un conseil des enseignants et un conseil de l'enseignement et de la vie étudiante.
Il est dirigé par un directeur général assisté d'un directeur général adjoint et d'un secrétaire général.
L'établissement comprend des départements d'enseignement, de recherche et d'ingénierie, des unités de recherche, des services et, le cas échéant, des services communs, des instituts et des écoles, créés par délibération du conseil d'administration.
Il comprend l'institut EDUTER, qui assure notamment les missions prévues aux 3° et 4° de l'article 3.