Les centres de formation sont chargés de la mise en œuvre des stages de formation et autres missions définis par l'échelon de direction du service. Ils sont implantés principalement sur les sites suivants : Biscarrosse, Carcassonne, Grenoble, Melun, Montpellier, Muret, Saint-Auban, Saint-Yan.
Les centres de formation comprennent :
― une division instruction, chargée de la mise en œuvre des programmes de formation (instruction sol et vol) et des autres missions opérationnelles ;
― une unité de maintenance, chargée de la mise en œuvre et de la maintenance des moyens aéronautiques et de simulation concourant à la réalisation des activités ;
― une division ou cellule administrative, chargée du support administratif et financier du centre ;
― une unité chargée des moyens généraux (à l'exception du centre de Muret, rattaché sur ce plan à l'échelon central du service).
Les centres et en particulier les divisions et unités ci-dessus collaborent avec les départements correspondants de l'échelon central pour l'élaboration et l'évolution des méthodes de fonctionnement du SEFA.