Le conseil de direction comprend :
― le directeur de l'IRCP ;
― le doyen de la section chargée de l'enseignement et de la recherche en sciences de la vie et de la Terre, ou son représentant ;
― un représentant du laboratoire Ecosystèmes aquatiques tropicaux et méditerranéens de l'Ecole pratique des hautes études ;
― deux représentants de l'université de la Polynésie française, désignés par celle-ci ;
― un représentant de l'université de la Nouvelle Calédonie, désigné par celle-ci ;
― un représentant élu du personnel de l'IRCP ;
― un représentant élu des usagers de l'IRCP ;
― huit personnalités qualifiées extérieures à l'Ecole pratique des hautes études.
Les personnalités qualifiées sont désignées par le conseil d'administration de l'Ecole pratique des hautes études. Quatre d'entre elles lui sont proposées respectivement par les ministres en charge de l'enseignement supérieur et de la recherche, des affaires étrangères, de l'outre-mer, de l'écologie et du développement durable et deux autres par le directeur de l'IRCP.
Le mandat des représentants élus et des personnalités qualifiées est d'une durée de quatre ans. Il est renouvelable une fois.
Le président du conseil de direction est élu par celui-ci parmi les personnalités extérieures pour une durée de quatre ans renouvelable une fois. Son mandat de président cesse dès lors qu'il perd la qualité de membre du conseil pour quelque cause que ce soit. Un nouveau président est désigné dans les mêmes conditions pour la durée du mandat de son prédécesseur restant à courir.
Les modalités d'élection des représentants élus et du président du conseil sont fixées par le règlement intérieur de l'IRCP.
L'agent comptable siège avec voix consultative lorsque l'ordre du jour le requiert. Le conseil peut, en fonction de son ordre du jour, entendre toute personne qualifiée dont il souhaite recueillir l'avis.