Les recettes et dépenses sont exécutées par un trésorier comptable central désigné par le ministre de la défense après avis du conseil de gestion.
Le trésorier comptable central tient la comptabilité générale de l'institution dans les conditions définies par le plan comptable de cet organisme qui s'inspire du plan comptable général et est approuvé par le ministre chargé du budget après avis de l'Autorité des normes comptables.
La comptabilité des prix de revient et la comptabilité des matériels et des stocks sont tenues par le trésorier comptable central ou sous son contrôle.