Le conseil scientifique d'estuaire peut connaître de l'ensemble des questions relatives à la préservation de l'estuaire, à sa gestion, à l'aménagement de ses milieux naturels ainsi qu'aux activités et travaux susceptibles d'avoir un impact sur ces milieux.
Il peut faire des recommandations sur toute question relative aux milieux naturels de l'estuaire et à son fonctionnement.
Il est saisi pour avis par le directoire de chaque grand port maritime de l'estuaire des parties du projet stratégique relatives à la gestion et à la préservation des espaces naturels appartenant à sa circonscription, ainsi que des projets de programmes d'aménagement et de travaux pouvant affecter ou concerner ces espaces naturels.
Il peut être saisi par le préfet de région mentionné à l'article 1er du présent décret pour donner un avis sur des programmes d'aménagement, des travaux ou des mesures de gestion susceptibles d'avoir un impact sur le fonctionnement des écosystèmes estuariens.
Il donne, dans un délai de deux mois, un avis motivé sur les questions dont il est saisi. A défaut, l'avis est réputé favorable.